اختلالات تاثير گذار بر آلت تناسلي عبارتند از :
• التهاب آلت تناسلي : علائم آن عبارتند از : قرمزي ، خارش ، تروم و درد . بالانيت زماني رخ مي دهد كه سر آلت ملتهب مي گردد. همچنين پوست ختنه گاه در صورت عدم ختنه كودك، مي‌تواند مبتلا به عفونت قارچي و باكترياييگردد.
• نقص پيشابراه پيشين : اختلالي است كه مجراي ادراري زير آلت باز مي شود نه در نوك آن
• تنگي ختنه گاه : تنگي پوست ختنه گاه آلت تناسلي است و در نوزادان و كودكان شايع مي باشد. معمولاً بدون درمان برطرف مي شود. اگر در ادرار كردن مشكلي ايجاد كند ختنه توصيه مي گردد.
• پارافيموزيس : زماني رخ مي دهد كه آلت ختنه نشده پسري جمع مي شود. اما سرجايش بر نمي گردد در نتيجه جريان خون به آلت مختل شده و درد و تورم ايجاد مي گردد. پزشك شايد سعي كند به كمك روغن پوست ختنه گاه را جا بيندازد وليكن چنانچه عملي نشد، ختنه توصيه مي شود.
• اندامهاي تناسلي مبهم : اين حالت زماني رخ مي ده كه كودكي با اندامهاي تناسلي به دنيا مي آيد كه مشخص نيست مذكر است يا مونث . در اكثر پسران بدنيا آمده با اين حالت ، آلت بسيار كوچك است يا اصلاً وجود ندارد اما بافت بيضه وجود دارد. در تعداد كمي از موارد ، كودك داراي بافت بيضه و تخمدان هر دو مي باشد.
• آلت تناسلي كوچك : اين حالتي است كه آلت گرچه مشكل طبيعي دارد اما كوچكتر از حد طبيعي و استاندارد است.
• بيماريهاي جنسي قابل سرايت : عبارتند ازويروس نقص ايمني انسان / سندروم نقص ايمني اكتسابي ، پاپيلوم ويروسي انسان ، سيفليس ، كلاميديا ، سوزاك ، تب خال تناسلي ، و هپاتيت B . اين بيماري‌ها از طريق رابطه جنسي از فردي به فرد ديگر منتقل مي شوند.
اگر كودكي داراي علائمي از مشكل در دستگاه تناسلي اش باشد يا سوالاتي در زمينه رشد و نمو دارد با پزشكش مشورت نماييد . اكثر مشكلات دستگاه تناسلي مرد را مي توان درمان كرد.